La alianza organiza su actividad entorno a distintos grupos de trabajo sectoriales, cada uno de los cuales está coordinado por el vicerrector de una de las universidades parte, y que responden a las prioridades y retos estratégicos de esta asociación.
En la actualidad, la alianza organiza su actividad alrededor de los siguientes grupos de trabajo y responsables:
- Investigación, coordinado por el Dr. José Manuel González Sancho (UAM)
- Internacional, coordinado por la Dra. Irene Martín (UAM)
- Grado, coordinado por el Dr. Juan Antonio Huertas (UAM)
- Formación on-line, coordinado por el Dr. Carlos Delgado Kloos (UC3M)
Por otro lado, conviene destacar la labor realizada en el marco del proyecto Diálogos Barcelona-Madrid, finalizado en 2014.